Vua Baudouin băng hà năm 1993 vì một cơn đau tim. Do không có con nối dõi, ngai vàng được truyền lại cho em trai của ông là Vua Albert II. Hoàng hậu Fabiola phải rời khỏi cung điện Hoàng gia ở Laeken để đến sống tại lâu đài Stuyvenbergh và hạn chế xuất hiện trước công chúng để không làm lu mờ vị Hoàng hậu mới của Bỉ, Hoàng hậu Paola.

Bà là một người luôn trung thành với Giáo hội Công giáo Rôma và luôn quan tâm đến các vấn đề y tế cộng đồng. Năm 2001, bà được nhận Huy chương Ceres do Tổ chức Lương thực và Nông nghiệp Liên Hợp Quốc trao tặng vì những đóng góp to lớn nhằm cải thiện đời sống của những người phụ nữ nông thôn ở các nước đang phát triển. Ngoài ra, bà còn là Chủ tịch danh dự của Quỹ Vua Baudouin.

Tình trạng sức khỏe

Ngày 16 tháng 1 năm 2009, Hoàng hậu Fabiola đã phải nhập viện trong tình trạng viêm phổi cấp.[3] Tuy nhiên, sau đó, sức khỏe của bà dần được hồi phục. Tháng 7 năm 2009, báo chí Bỉ đã đăng tin về tình trạng nguy kịch của Hoàng hậu Fabiola sau khi bà bị một cây nỏ vô tình bắn trúng. Để tránh cho thần dân Bỉ phải lo lắng, vào ngày 21 tháng 7 năm 2009, tại lễ kỷ niệm Quốc khánh Bỉ, bà đã dí dỏm cầm một quả táo và vẫy trước đám đông – gợi nhớ đến câu chuyện dân gian Thụy Sĩ về người anh hùng Wilhelm Tell, người đã bắn rơi quả táo đặt trên đầu con trai mình.[4]